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按照国家的统一部署，新疆维吾尔自治区于2003年、2007年针对农村人口、城镇非就业人口分别建立了新农合和城镇居民医保制度。为解决基本医疗保险城乡分割“二元结构”，实现城乡居民平等享有基本医疗保险权益，促进社会公平正义，提高人民福祉，2016年6月23日，根据中央精神，自治区人民政府办公厅印发了《新疆维吾尔自治区整合城乡居民基本医疗保险制度实施意见》（新政办发[2016]93号），从工作目标、基本原则、总体工作步骤、主要任务、精心组织实施五个方面做出具体部署。
一是按照循序渐进的原则，分启动准备、双轨过渡、平稳并轨三个阶段推进统筹地区整合工作，先行试点地区2016年内启动整合实施工作，争取2017年上半年实现双轨过渡运行向新制度政策并轨。
二是理顺管理体制，明确城乡居民医保实行地级统筹，由人力资源和社会保障部门统一归口管理。
三是提出制度整合后实现“六统一”：一要统一覆盖范围。城乡居民医保制度覆盖除职工基本医疗保险应参保人员以外的其他所有城乡居民。二要统一筹资政策。坚持多渠道筹资，合理确定城乡统一的筹资标准，整合后的实际人均筹资和个人缴费不得低于现有水平。三要统一保障待遇。逐步统一保障范围和支付标准，政策范围内住院费用支付比例保持在75%左右，逐步提高门诊保障水平。四要统一医保目录。由各省（区、市）在现有城镇居民医保和新农合目录的基础上，适当考虑参保人员需求变化，制定统一的医保药品和医疗服务项目目录。五要统一定点管理。统一定点机构管理办法，强化定点服务协议管理，建立健全考核评价机制和动态的准入退出机制。六要统一基金管理。城乡居民医保执行国家统一的基金财务制度、会计制度和基金预决算管理制度。
